Un homme immunodéprimé a subi une COVID-19 aiguë continue pendant plus de 750 jours. Sur toute cette période, il a présenté des symptômes respiratoires persistants et a été hospitalisé à cinq reprises.
Pourquoi ce cas ne relève pas d’un COVID long
Malgré une durée exceptionnelle, la situation décrite ne correspond pas à un COVID long : il ne s’agissait pas de symptômes qui se prolongent après l’élimination du virus, mais bien d’une phase virale de SARS-CoV-2 qui s’est maintenue pendant plus de deux ans.
Les infections persistantes : un enjeu pour l’ensemble de la communauté
Même si ce record pourrait sembler ne concerner que des personnes particulièrement vulnérables, des chercheurs américains alertent dans leur nouvelle étude : les infections persistantes ont des implications pour tout le monde.
« Les infections de longue durée permettent au virus d’explorer des moyens d’infecter les cellules plus efficacement, et [cette étude] s’ajoute aux éléments montrant que des variants plus transmissibles ont émergé à partir de telles infections », a déclaré à Sophia Abene, pour Contagion Live, l’épidémiologiste de l’université Harvard William Hanage.
« Traiter efficacement de tels cas est donc une priorité, à la fois pour la santé de la personne et celle de la communauté. »
Ce que révèle l’analyse génétique du SARS-CoV-2 chez ce patient
La bioinformaticienne Joseline Velasquez-Reyes (Boston University) et ses collègues ont réalisé une analyse génétique d’échantillons viraux prélevés chez le patient entre mars 2021 et juillet 2022, afin de comprendre l’évolution du virus au cours de cette invasion prolongée.
Au final, la vitesse d’apparition des mutations du virus chez ce patient s’est révélée comparable à celle généralement observée à l’échelle d’une communauté. De plus, certaines mutations avaient un air très familier : par exemple, des mutations de la protéine Spike correspondaient à des positions identifiées dans le variant omicron du SARS-CoV-2.
Ainsi, chez une seule et même personne, les mêmes types de mutations ayant conduit à l’émergence du variant omicron - qui se réplique plus rapidement - étaient en voie de réapparaître. Les chercheurs indiquent que cela renforce l’hypothèse selon laquelle des changements de type omicron se développent sous l’effet des pressions de sélection que le virus subit à l’intérieur de nos organismes.
Contexte clinique : VIH-1 avancé et immunité fortement diminuée
Le patient, atteint d’un VIH-1 avancé, pense avoir contracté le SARS-CoV-2 vers la mi-mai 2020. À cette période, il ne recevait pas de traitement antirétroviral et ne pouvait pas accéder aux soins nécessaires, alors même qu’il souffrait de symptômes respiratoires, de maux de tête, de douleurs corporelles et de faiblesse.
Cet homme de 41 ans avait un taux de lymphocytes T auxiliaires de seulement 35 cellules par microlitre (µL) de sang, ce qui explique la capacité du virus à persister aussi longtemps. La plage considérée comme normale se situe entre 500 et 1 500 cellules par microlitre.
Une transmissibilité apparemment faible, sans certitude pour d’autres cas
Heureusement, dans ce cas au moins, cet envahisseur tenace ne semblait pas très infectieux.
« L’absence supposée d’infections secondaires pourrait indiquer une diminution de la transmissibilité lors de l’adaptation à un hôte unique », soupçonnent Velasquez-Reyes et son équipe.
Néanmoins, rien ne garantit que d’autres infections capables de s’installer durablement en nous suivront le même trajet évolutif. C’est pourquoi les experts se montrent prudents et demandent une surveillance étroite continue de la COVID, ainsi qu’un accès adéquat aux soins pour tous.
« L’élimination de ces infections devrait être une priorité pour les systèmes de santé », concluent les chercheurs.
Pour réduire le risque de mutations problématiques, médecins et chercheurs recommandent aux communautés de maintenir la vaccination et de continuer à porter un masque dans les lieux clos, bondés.
Ces travaux ont été publiés dans The Lancet.
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